Внутри отдела хранение осуществляется по фондам, которые разделены по принципам типологии предметов, времени и места их создания. Такое условное выделение фондовых коллекций позволяет систематизировать крайне разнообразный материал. В состав этих коллекций входят произведения народного искусства, изделия художественных промыслов (до 1917 года и после), икона и культовая скульптура, работы, представляющие регионы России и стран СНГ, мебель и домовый декор, коллекция столярных и плотницких инструментов, а также художественная резная кость
Основу собрания отдела дерева и кости в 1981 году составили предметы, переданные из Государственного Исторического и Государственного Русского музеев. Сотрудники отдела регулярно выезжали в экспедиции в Вологодскую область, привозя из них крестьянскую утварь и элементы убранства дома. С момента своего образования отдел вел активную работу с современными художниками и мастерами промыслов, а также с частными коллекционерами. Многие первоклассные предметы попадали в собрание отдела после персональных выставок художников-прикладников. Все это позволило собрать в короткие сроки представительную коллекцию.
В 1999 году по постановлению Правительства Российской Федерации нашему музею было передано собрание Музея народного искусства, который с момента своего образования рассматривал изделия из дерева и кости в качестве одного из главных направлений формирования коллекции. Основу фондов заложили предметы, экспонировавшиеся на Всероссийской художественно-промышленной выставке 1882 года в Москве. Сюда же вошли предметы крестьянского искусства, переданные в дар музею Сергеем Тимофеевичем Морозовым. В 1919 году Кустарному музею была передана коллекция Марии Федоровны Якунчиковой и Натальи Яковлевны Давыдовой, в которую входили в том числе набойные доски для печати на ткани и предметы домашнего обихода.
На протяжении всего периода своей истории коллекции дерева и кости Музея народного искусства пополнялись работами художников, которые с ним сотрудничали в 1920 – 1930-е годы, экспериментальными образцами, разработанными в середине прошлого столетия сотрудниками Научно-исследовательского института художественной промышленности совместно с мастерами-прикладниками, предметами, поступившими после многочисленных выставок-смотров, ценными дарами и закупками. Среди художественных промыслов, особенно полно представленных в собрании музея – хохломская роспись, от ранних работ середины XIX века до современных изделий, богородская резьба, унцукульская насечка.
В настоящее время музей продолжает работать с современными авторами, коллекционерами и дарителями, что позволяет нам расширять и дополнять собрание отдела дерева и кости.