Фондовое хранение художественного металла и камня строится по группам материалов: изделия из железа, меди, бронзы, олова, эмали, камня, а также содержит раздел личных украшений (ювелирное искусство). Коллекция состоит из предметов повседневного быта (самовары, сундуки, утюги и т.п.), авторских работ, высокохудожественных изделий массового производства. Формирование коллекции отдела шло путем передачи из других музеев и учреждений культуры, даров частных владельцев и коллекционеров, закупки предметов, в том числе с выставок.
Фонд металла и камня включает комплекс предметов, поступивших в 1999 – 2000 годах из Научно-исследовательского института художественной промышленности, его структурного подразделения – Музея народного искусства им. С. Т. Морозова. В данной части коллекции хранятся уникальные предметы, созданные в 1910 – 1930-е годы по заказу Кустарного музея и по эскизам профессиональных художников: расписные подносы, резьба по камню, эмаль, предметы быта и художественный металл.
Среди особо ценных даров в фонд отдела металла и камня – одна из лучших в России коллекция самоваров московского собирателя Геннадия Андреевича Кубрякова. Собрание охватывает большой временной период с 1840-х по 1920-е годы. Широка и география производства самоваров: Москва, Варшава, Тула, Санкт-Петербург. Предметы коллекции отличаются невероятным разнообразием форм: самовар-ваза, самовар-рюмка, самовар-чайник и т.д. В отделе хранятся не только жаровые (угольные), но и электрические самовары 1980-х годов, поступившие с выставки «Русское чаепитие».
С традицией русского чаепития неразрывно связано появление знаменитого народного промысла в Жостове. Яркие расписные подносы быстро превратились в предмет украшения и коллекционирования. Самые ранние из сохранившихся, попавших в музейный фонд, относятся к середине XIX века и происходят из подмосковных мастерских Вишняковых, Беляевых и Цыгановых. В первые годы после создания Всероссийского музея декоративного искусства из Росизопропаганды (ныне РОСИЗО) были переданы работы ведущих советских художников Жостова.
Коллекция резного камня музея включает произведения камнерезов Нижегородской области, Москвы, Ленинграда и Тувы. Это анималистика, шахматы, шкатулки, вазы, письменные приборы и многое другое. Самыми ранними предметами коллекции камня являются отдельные фрагменты резного белокаменного декора XII века, происходящие из Успенского собора во Владимире, поступившие из Государственного исторического музея в 1981 году. Тувинская резьба, составляющая четверть коллекции камня – традиционный художественный промысел, ставший символом народной культуры республики.
Отдел металла и камня хранит предметы археологии из бронзы – фибулы, подвески, височные кольца, браслеты и перстни XI-XIII веков. Художественная бронза представлена работами известных скульпторов XIX века, создавших на петербургских бронзолитейных фабриках классические произведения кабинетной скульптуры. Помимо скульптуры в фонде хранятся подсвечники, канделябры, каминные часы и вазы, письменные приборы и рамки для фотографий, демонстрирующие культуру повседневности состоятельных владельцев предметов из бронзы.
Музейный фонд обладает весомой коллекцией уральского декоративно-прикладного искусства: лаковой росписи по металлу Нижнего Тагила, художественного литья из чугуна Каслей и Кусы, гравюрой на стали Златоуста, уральских камнерезных артелей и комбината. Большая часть предметов относится к советскому времени.
Культовая медная пластика – традиционный промысел старообрядцев. Предметы, хранящиеся в музее, происходят из медных мастерских Москвы, Выговской пустыни и Гуслиц. Собрание медного литья отдела металла и камня формировалось, в основном, благодаря закупке у коллекционеров. Медная пластика часто украшалась полихромной эмалью. Несмотря на массовый характер производства, украшение эмалью делает конкретный образ неповторимым.
Эмальерное искусство в собрании музея представлено работами ведущих мастеров 1970 – 2000-х годов Ростова, Костромы, Москвы, а также прибалтийских стран, Великобритании, Франции, Венгрии, Польши и Кубы. В 1980-1990-е годы из Росизопропаганды было передано около двухсот работ эмальерного искусства. Коллекция отдела – это ростовская финифть, в том числе иконы XVIII – XIX веков, авторские работы в технике живопись по эмали, а также произведения художников, создавших в технике горячей и холодной эмали неповторимые арт-объекты.
В 1980-е годы Всероссийским музеем декоративного искусства велась активная работа по созданию коллекции авторского ювелирного искусства. Музей организовал международную творческую биеннале ювелирного мастерства. Участие в биеннале считалось престижным не только у художников из советских республик, но и зарубежных специалистов. Биеннале позволила регулярно пополнять фонд засчет закупок и даров художников.
Собрание произведений эмали и личных украшений являются одними из самых репрезентативных коллекций музея. В фонде отдела металла и камня организовано открытое хранение, позволяющее проводить экскурсии в особые даты, например, в День музеев. Коллекция также пользуется популярностью в выездных выставочных проектах по стране и ближнему зарубежью.