В отделе рукописей и научной документации хранится более 100 000 единиц хранения. Отдел включает в себя три коллекции: личные архивные фонды, фототеку и архитектурную графику.


В архивных документах личных фондов содержатся рукописные копии диссертаций и рабочие материалы к ним (библиографические справочники, фотографии по темам диссертаций), рукописные копии монографий, научных статей, докладов, подготовительные материалы для научных исследований, личная переписка, изобразительные материалы.

В личных фондах представлены также документы педагогической деятельности: лекционные курсы, учебные пособия, методологические разработки.

Фототека отдела хранит более 60 000 негативов и фотографий. Первым поступлением была коллекция негативов (более 4 000) по двум темам – деревянный домовый декор в архитектуре «неорусского стиля» и каслинское художественное литье из частных собраний. С 1999 фототека хранит уникальную коллекцию негативов и фотографий, собранную в Научно-исследовательском институте художественной промышленности и переданную Всероссийскому музею декоративного искусства после закрытия института.

В 2020 году в дар музею от наследников Алексея Викторовича Щусева поступила коллекция архитектурной графики.