Коллекция керамики – одна из крупнейших в собрании музея. Она включает более 20 000 предметов, различные по материалу и назначению: от грубой керамики до тончайшего фарфора, от гончарных изделий, предметов быта до высокохудожественных произведений и уникальных авторских работ. Хронологические рамки коллекции – XV век (археологические находки) до настоящего времени. По месту изготовления экспонаты коллекции представляют всю территорию современной России, а также страны ближнего и дальнего зарубежья.
С момента открытия музея сотрудники отдела наряду с активной выставочной деятельностью занимались описанием, изучением, формированием и пополнением фондовых коллекций, привлекая к сотрудничеству известных коллекционеров, современных художников-керамистов и скульпторов, народных мастеров, любителей и ценителей керамического искусства. Собрание керамики постоянно пополняется новыми экспонатами – как отдельными уникальными произведениями, так и целыми коллекциями.
В 1980-х годах в фонды отдела поступили коллекции агитационного фарфора известных артистов Л. О. Утёсова, М. В. Мироновой и А. С. Менакера, которые включают уникальные, некоторые выполненные в единственном экземпляре произведения известных художников Ленинградского фарфорового завода.
В 1999 – 2000 годах событием для музея стала передача фондов Музея народного искусства им. С. Т. Морозова (бывший Кустарный музей). В отдел керамики поступили богатейшая коллекция (более 6 000 предметов), состоящая из произведений народных промыслов, гончарства, игрушки, изделий русского фарфора. Также следует отметить скромную по количеству, но очень значимую по своему художественному уровню коллекцию зарубежной керамики и мелкой пластики. В частности, фарфоровая анималистическая скульптура европейского производства, которую коллекционировал создатель Кустарного музея Сергея Тимофеевич Морозов.
В разные годы были закуплены и приняты в дар отдельные предметы и коллекции известных искусствоведов, археологов, знатоков народного искусства. Предметы из фондов отдела керамики представлены в экспозициях музея, а также активно используются в выставочных проектах.